Puedes borrar una memoria MTD usando el mismo comando MTD, de esta forma:

mtd erase /dev/mtd0

Si no te fias del comando mtd erase (porque eres un loco paranoico) puedes intentar sobre-escribir toda la memoria del dispositivo MTD usando dd para escribir ceros en todas las celdas. Pero esto no es aconsejado por la limitada cantidad de escrituras que estas memorias suelen tener. Aún así, puedes hacerlo ejecutando:

dd if=/dev/zero of=/dev/mtdblockX

Donde X es el número de MTDBlock. Por ejemplo:

dd if=/dev/zero of=/dev/mtdblock0

o

dd if=/dev/zero of=/dev/mtdblock1