El logueo del root está desactivado por defecto en el entorno de escritorio de gnome. Para activarlo sigue estos pasos:

Abre una cli como root.

Edita el archivo /etc/pam.d/gdm-password

Comenta la línea que contiene al root quedándote así:

# auth required pam_succeed_if.so user != root quiet_success

Guarda y reinicia