Si le hemos indicado a LetsEncrypt que redirija un sitio de http a https observamos que el redireccionamiento lo realiza en el .conf del sitio de Apache de la siguiente manera:

<VirtualHost *:80>
...
RewriteEngine on
RewriteCond %{SERVER_NAME} =www.dominio.com [OR]
RewriteCond %{SERVER_NAME} =dominio.com
RewriteRule ^ http://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [END,QSA,R=permanent]
</VirtualHost>

Es decir, redirige mediante RewriteEngine. Sin embargo, creo yo que las buenas prácticas indican hacerlo como el manual de apache indica que hay que hacerlo. Es decir, de esta forma:

Redirect permanent / http://dominio.com/