Si no te alcanza con la funcionalidad estándar de caja en mate-desktop, siempre puedes ampliarla con algunas extensiones. Estos son los que uso yo:

caja-actions
Extensión para crear acciones personalizadas.

caja-admin
Permite abrir caja como administrador con el botón derecho del ratón.

caja-image-converter
Extensión para rotar o cambiar tamaño a muchas imágenes a la vez.

caja-open-terminal
Agrega la opción con el botón derecho del rató de abrir una cli en la ubicacación desde la carpeta donde se está en el momento.

caja-sendto
Integra Pidgin y algunos clientes de email en el menú de archivo de caja.

caja-wallpaper
Permite la opción de agregar fondos de pantalla desde archivos en las carpetas sin tener que abrirlos.

caja-xattr-tags
Permite ver atributos extendidos de carpetas y archivos.

caja-rename
Permite el renombrado masivo de archivos desde Caja.

caja-seahorse
Permite encriptar y desencriptar archivos OpenPGP usando GnuPG.

caja-nextcloud
Integra NextCloud en Caja.

caja-owncloud
Integra OwnCloud en Caja.

caja-dropbox
Integra Dropbox en Caja.

caja-share
Permite compartir rápidamente una carpeta desde el menú de archivo de Caja.

caja-eiciel
Editor gráfico de ACLs y atributos extendidos para el escritorio Mate.