Crear una carpeta protegida dentro de IIS con PowerShell

Primero asegúrate que la característica «basic authentication» de IIS esté habilitada. Puedes instalarla directamente desde PowerShell, ejecutando como Administrador:

install-windowsfeature web-basic-auth

Luego, para crear una carpeta protegida, ejecuta:

# Crear la carpeta
new-item -itemtype directory -path "c:\inetpub\wwwroot\protegida"
# Deshabilitar autenticación anónima
set-webconfigurationproperty -filter '/system.webserver/security/authentication/anonymousauthentication' -location "Default Web Site/protegida" -name enabled -value false
# Habilitar autenticación básica
set-webconfigurationproperty -filter '/system.webserver/security/authentication/basicauthentication' -location "Default Web Site/protegida" -name enabled -value true
# Crear una página de prueba
write-output "Página con autenticación básica" | out-file C:\inetpub\wwwroot\protegida\index.html -encoding default
# Reiniciar IIS
restart-webItem -pspath "IIS:\Sites\Default Web Site"

Para que un usuario pueda conectarse a esa compartición protegida deberás crear un usuario y contraseña de windows y darle permisos de lectura sobre esa carpeta.